Esta perturbação é caracterizada por uma grande diversidade sintomática.
Durante uma crise pode apresentar qualquer um dos sintomas classicamente atribuidos à esquizofrenis, nomeadamente delirios paranóides, de autoreferência e alucinações auditivas. Alguns destes pacientes apresentam caracteristicamente ilusões e alucinações visuais, olfativas e cinestésicas que são menos frequentes na esquizofrenia.
Do ponto de vista dos afectos, estes podem apresentar-se sob a forma de mania, depressão ou ambas, sempre associados a sintomas psicóticos (em corte com a realidade). Os esquizoafectivos bipolares apresentam quadros maniformes com manifestações delirantes que muitas vezes dominam os aspectos afectivos. Normalmente carecem da expontaneidade dos maníacos puros, apresentando menor sociabilidade e empatia. Os esquizoafectivos unipolares conjugam sintomas de esquizofrenia com sintomas depressivos.